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2022年由农业农村部批准建设，本实验室兼具科技创新、开放性服务、学术交流和人才培养功能，研究内容主要集中在农作物DNA指纹创新利用研究等方面。利用DNA指纹技术贯通从种质资源评估、品种选育到种子质量管理的品种全溯源分析体系，具体研究方向包括（1）遗传机制和演化规律研究。以多作物不同层次代表性材料的全基因组测序数据为研究对象，综合运用植物进化、比较基因组学、生物信息学、作物遗传育种以及形态学等多学科交叉分析手段，深入了解物种间、物种内基因组结构、遗传变异规律以及形态特征关系，揭示人工选择压力驱动下的品种快速进化机制，探索品种形成的遗传机制和演化规律，建立品种分子鉴定的理论和方法体系。（2）精准育种过程溯源与分子档案管理。针对多种育种方案产生的育种材料，逐代逐个创建育种分子档案，开展系谱溯源研究，全基因组追踪育种过程个体。深入挖掘优异农艺性状基因标记，建立覆盖前景选择、背景选择和品种鉴定的育种群体中间材料代际跟踪分析体系和平台，为新种质评价提供有力的技术手段，为派生品种鉴定提供科学的数据基础，为保护原始创新提供精准的分子系谱档案。（3）农作物DNA指纹管理平台构建与分析。构建涵盖种质资源、育种材料、育成品种高效、智能的农作物DNA指纹管理平台，实现DNA指纹管理的数字化、便捷化和智能化。建立育成品种的关系网络，从时间和地点等维度探究其复杂的规律，为种质创新、品种选育提供重要指导信息，为品种管理提供数据支撑和决策依据。（4）新型分子检测技术研发与应用。开发物种通用型分子检测技术，解决品种审定、登记及保护的农作物种类及品种数量增加等管理挑战。创制超高多态的全基因组覆盖的新型区块化标记，有效甄别生物育种新技术产生的派生品种。绘制包含最全变异类型的农作物全态变异图谱，为不同需求提供优异、丰富的变异位点库。加强技术标准制定工作，积极推动团体、行业、国家标准制定，为北京市品种管理部门应对复杂的品种管理形势提供科学快速的检测手段。