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2011年由农业农村部批准建设，主要职责是对北京区域内农产品生产和收贮运等环节的质量安全进行风险评估和风险监测，服务于农业主管部门的农产品质量安全监管工作。承担农产品质量安全风险评估、风险监测和风险交流任务，开展科学研究和营养功能评价，承担农业行政主管部门委托的农产品质量安全相关工作。本实验室重点开展农产品质量安全风险评估技术、标准、快检装备研究等，明确京郊特别是设施农业主要污染因子、评价指标、危害性、暴露机制，建立风险源识别、质量追溯和预警方法，开发基于风险描述和质量追溯的农产品质量安全预警系统软硬件产品，为首都农产品质量安全提供技术支撑。面向外埠进京农产品开展风险源识别、风险交流、质量追溯和风险预警技术研究，为区域农产品安全提供决策和管理技术支撑。