【职能部门】：
办公室：主要职责：负责水产所日常运转、内外联系和综合协调工作，承担文电、会务、机要、档案、考核、信息、宣传、信访、保密、接待联络等工作，承担重要文稿的起草工作，负责党政工团、人事劳资、国际学术交流与合作、离退休人员服务管理工作。
科管科：主要职责：负责组织制定所科技发展规划、计划；负责学科建设、科技创新平台建设；负责科技项目、知识产权、科技成果、科技奖励、转基因安全等管理；负责国内学术交流工作；负责科技成果转化、技术推广和示范、科技惠农、帮扶协作等工作。
财务科：主要职责：负责预决算管理、财务管理、绩效管理、统计工作、所住房公积金管理。
行政科：主要职责：负责基建、后勤保障、安全保卫、公车管理、实物资产和危险品安全管理等工作。
国有资产与基地管理科：主要职责：负责国有资产管理工作，负责所属企业和科研试验示范基地管理工作。
【科研部门】：
育种研究室：
定位：鲟鱼、鲑鳟鱼繁殖生理、育种技术研究与新品种培育。
方向：
（1）鲟鱼繁殖内分泌调控、性别分化与抗逆性研究。
（2）鲟鱼重要性状遗传基础与基因资源的发掘利用研究。
（3）鲟鱼性别控制育种、全基因组选择育种等育种技术研究。
（4）鲟鱼、鲑鳟鱼新品种（系）培育。
（5）鲑鳟鱼倍性育种技术研究。
（6）鲑鳟鱼种苗高效繁育技术研究。
室主任：王巍
观赏鱼研究室：
定位：金鱼、锦鲤高效繁养殖、育种技术研究、新品种培育与相关用品开发。
方向：
（1）金鱼、锦鲤育种技术研究。
（2）金鱼、锦鲤特色优异种质资源创制与新品系培育。
（3）金鱼、锦鲤高效繁养殖技术研究与用品开发。
室主任：张蓉
养殖研究室：
定位：鱼类健康养殖技术研究与养殖模式开发；鱼类营养、病害防治技术研究与投入品开发；渔业生态与环保技术研究与产品开发；渔业数字化技术研究与智能装备开发。
方向：
（1）鱼菜共生、智慧养殖模式研究与产品开发。
（2）鱼类营养需求研究与饲料开发。
（3）鱼类病害防治技术与制剂研发。
（4）水库渔业资源保护与利用技术研究。
（5）水产养殖水质调控与尾水综合利用技术研究。
室主任：陈燕
课题组：
（1）设施养殖课题组 组长：杨贵强
（2）鱼类营养课题组 组长：郁欢欢
（3）鱼类病害课题组 组长：姜娜
（4）水生态与养殖环境控制课题组 组长：曲疆奇
（5）国家特色淡水鱼北京综合试验站 站长：张欣
（6）国家大宗淡水鱼北京综合试验站 站长：田照辉
加工研究室：
定位：鲟鱼、鲑鳟鱼加工与质量安全技术研究与产品开发。
方向：
（1）鲟鱼、鲑鳟鱼功能活性营养物质开发。
（2）鲟鱼、鲑鳟鱼精深加工工艺与产品保鲜技术研究。
室主任：桂萌
科技创新中心：
定位：水产应用技术研究与示范
方向：
（1）水产应用技术研究。
（2）技术示范与成果转化。
中心主任：黄杰 副所长兼任