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本发明公开了一对辅助鉴定野油菜黄单胞菌野油菜致病变种四号生理小种的引物及其应用。该对引物，它们的核苷酸序列分别为序列表中序列1和序列表中序列2。可以利用本发明的引物对野油菜黄单胞菌野油菜致病变种菌株进行生理小种鉴定缩短鉴定时间，从而较快地鉴定出野油菜黄单胞菌野油菜致病变种四号生理小种，利用本发明引物进行鉴定生理小种的方法克服了传统生理小种鉴定方法鉴别寄主法中易受环境因素和鉴别寄主生长期长的干扰而导致鉴定效率低等问题。